El lugar de Banaguás aparece citado por primera vez en el año 1039. Tenemos que esperar unos años más, hasta el año 1063, para encontrar una referencia a su templo parroquial. El 4 de diciembre de 1094 el rey Pedro I donó al monasterio de San Juan de la Peña la ciudad de Banaguás. Salvo pequeños momentos puntuales, en que pasó a manos de la Corona, la iglesia estuvo bajo el control de este cenobio hasta la desamortización de 1835.

En 1760 se reformó profundamente el templo, conservándose sólo la cabecera de factura románica, aunque interiormente está tapada por un retablo barroco.

El ábside semicircular está decorado según la tradición lombarda con arcos ciegos y lesenas, sobre los que hay un friso de baquetones verticales, que lo relaciona con el románico del Alto Gállego.

Una ventana abocinada se abre en la parte central del tambor absidal.